Indexation des performances des bovins

La valeur génétique des animaux est estimée à partir de deux types d’information : les performances mesurées et la généalogie.

 L’identification des animaux, leur filiation et le contrôle de leurs performances constituent la base de l’évaluation génétique ou indexation.

 L’index est la meilleure estimation de la valeur génétique d’un reproducteur, laquelle est traduite en écart (positif ou négatif) à un groupe d’animaux.

Les usages des index

Les index servent d’abord à comparer la valeur génétique des animaux et à les classer pour choisir les meilleurs reproducteurs. Ils sont également utilisés dans les élevages pour l’établissement des plans d’accouplement. Au préalable, le bilan génétique de troupeau permet d’analyser les points forts et les points faibles en matière de génétique et de définir ainsi les objectifs de sélection du troupeau.

 Le groupe de taureaux correspondant à cet objectif peut alors être déterminé.

L’accouplement individuel de chaque vache peut tenir compte de ses particularités et de son

pédigrée en lui associant un taureau ne présentant pas de défauts sur les mêmes caractères qu’elle.

Les meilleures vaches pour un objectif donné seront accouplées aux meilleurs taureaux pour le même objectif.

Les index sont calculés pour les animaux actifs mais aussi pour les animaux disparus. Il est donc possible d’analyser l’évolution du niveau génétique sur plusieurs années. Le bilan d’indexation regroupe l’ensemble des éléments statistiques relatifs aux index des mâles et des femelles sur une dizaine d’années.

 Des courbes de progrès génétique sont alors obtenues.

La confrontation de l’évolution génétique dans le temps et celles des performances sur la même période, pour les mêmes catégories d’animaux permet également d’évaluer la responsabilité de la génétique et celle des effets dus au milieu (par exemple, l’alimentation) dans les changements observés de la production.

En donnant les tendances du progrès génétique sur les années passées et en sachant que les animaux actifs aujourd’hui, dont on connait la valeur génétique moyenne, seront les parents des futures générations, les évolutions génétiques possibles peuvent être envisagées. Le Bilan Génétique de l’IA est un élément complémentaire pour estimer le progrès futur. A partir du bilan génétique de l’IAP (index des pères) et de l’index moyen annuel des troupeaux de vaches contrôlées (index des mères), il est possible de prévoir l’évolution future du niveau génétique.

 L’indexation permet aux éleveurs et aux opérateurs de la sélection de choisir les meilleurs reproducteurs en vue de leurs objectifs.

Elle permet également de mesurer l’efficacité des programmes de sélection.

 En moyenne, un reproducteur transmet à ses descendants la moitié de son index

La valeur d’un taureau était alors appréciée à partir de la moyenne brute des meilleures lactations de ses filles.

• Méthodes d’évaluation

 Les techniques d’évaluation génétique se sont peu à peu améliorées au cours des trois dernières décennies sous l’influence simultanée des progrès en statistiques, en informatique et en génétique quantitative et grâce au développement de schémas rationnels de sélection. L’indexation a désormais atteint un tel niveau de sophistication que sa compréhension semble réservée à quelques spécialistes alors même que son utilisation ne cesse de s’accroitre.

• La méthode BLUP, modèle animal

Cette méthode statistique complexe permet d’analyser simultanément les effets de milieu et les effets génétiques. Pour l’évaluation des caractères laitiers, elle utilise un modèle animal qui prend en considération la filiation, les accouplements et les performances antérieures. Ainsi, les index permettent de comparer des animaux quels que soit leur sexe, leur âge, leur troupeau ou leur région d’origine.

Ils peuvent être comparés même s’ils ne sont pas contemporains.

Les index, calculés par la méthode BLUP, obéissent à la formule suivante :

Index = Contribution de l’ascendance + contribution de la descendance + contribution de l’animal

• Les types d’index

Pour les bovins, on distingue les index laitiers (à partir d’information collectées par le Contrôle Laitier), les index morphologiques et les index fonctionnels

Néanmoins, pour faciliter l’utilisation des index et éviter la dispersion de l’effort de sélection, ils sont combinés en un index synthétique : l’INEL. Cet index dérive de la formule de paiement du lait calculée afin de maximiser le revenu laitier.

Sa formule est la suivante :

INEL = 0,98 (MP + 0,2MG + 1TP + 0,5TB)

• Les index fonctionnels

Cinq index fonctionnels sont disponibles.

L’index comptage cellulaire, CEL, a pour objectif d’améliorer la résistance aux mammites par une sélection indirecte sur les comptages cellulaires.

 Il existe une corrélation génétique très forte (0,70) entre la numération cellulaire et la propension aux mammites cliniques

Cet index est très surveillé du fait de l’importance du comptage cellulaire sur le prix du lait.

L’index de longévité fonctionnelle, LGF, quantifie l’aptitude d’une vache à avoir une longue

carrière laitière indépendamment de son niveau de production.

L’objectif est de retarder les réformes involontaires.

L’index de fertilité femelle, FER, évalue la fertilité post-partum des filles de taureau.

 Cet index est observé de près par les éleveurs car il conditionne en partie les frais d’insémination.

Les index facilité de naissance, NAI, et facilité de vêlage, VEL, évaluent les conditions de

naissance des veaux et les conditions de vêlage des filles des taureaux afin d’éviter des

accouplements à risque sur des génisses.

• Les index morphologiques

L’évaluation génétique des taureaux pour les caractères de format et de conformation s’appuie surune table de pointage linéaire et le pointage des contemporaines d’étable.

Sont distingués des index descriptifs (avec une valeur à la clef) et des index qualitatifs c’est-à-dire que les animaux sont jugés bons ou mauvais, rapides ou lents pour tel caractère

• Les index composites

 Certains index sont composites tels que les index mamelle (MA), format (FT), musculature (MU)et morphologie (MO) c’est-à-dire qu’ils englobent différents index « simples » :

Mamelle (MA) Kma [0,10 AA + 0,05 AR + 0,20 EQ + 0,05 0R + 0,15 EA + 0,20 LI + 0,25 PJ]

Format (FT) Kft [0,10 HS + 0,20 LP + 0,25 PP + 0,15 LB + 0,30 IS]

Musculature(MU) Kmu [0,25 Dessus + 0,25 Filet + 0,25 Plein Bassin + 0,25 Culotte]

Morphologie (MO) Kmo [0,45 MA + 0,25 FT + 0,15 MU + 0,15 Aplombs]

• L’Index Synthèse UPRA (ISU)

Il regroupe différents index : l’INEL, la fertilité, le comptage cellulaire, la longévité fonctionnelle et la morphologie .  

Sa formule est

ISU = 100 + 18,28 [INEL/20 + 0,25 CELC + 0,20 FERC + 0,15 LGFC + 0,35 MO]

C’est un index « économique » puisqu’il répond à des caractères de rentabilité pour l’éleveur :

- par l’optimisation des recettes de l’atelier lait (INEL, comptage cellulaire),

- par l’optimisation des charges de l’exploitation (en jouant sur la fertilité, le comptage

cellulaire),

- par l’amélioration de la vie productive (fertilité, longévité).

• La base d’édition des index

L’index estime la supériorité génétique d’un reproducteur par rapport à un groupe d’animaux de référence qui constitue la base.

Les bases mobiles annuelles peuvent être comparées par l’intermédiaire d’une base fixe servant de référence constante dans le temps pour la race.

. Désormais, les index des bovins laitiers sont exprimés sur une base unique femelle.

·         Héritabilité

L’héritabilité (h2) d’un caractère mesure la part des effets génétiques additifs dans les variations d’un caractère dans une population.

Elle évalue la probabilité d’un caractère à être transmis à la descendance. Elle est comprise entre 0 et 1.

Un caractère fortement héritable (héritabilité proche de

1) se transmet bien à la descendance. L’efficacité de la sélection dépend donc également de

l’héritabilité des caractères et croît avec elle.

Les caractères de production laitière sont moyennement héritables alors que les taux butyreux et protéique sont fortement héritables. Les mensurations corporelles sont fortement héritables. Les caractères fonctionnels tels que la longévité et le comptage cellulaire sont modérément héritables.

La plupart des performances de reproduction sont peu héritables

·         Coefficient de détermination

Un coefficient de détermination (CD) est systématiquement associé à chaque index. Il indique pour chaque index le degré de fiabilité qu’on peut lui accorder.

Cette valeur varie de 0 à 1. Une valeur proche de 1 indique que la valeur de l’index est fiable. Depuis 2007, un seuil minimal de 0,50 a été décidé pour les caractères laitiers c’est-à-dire que les taureaux ne seront mis en service que si le CD est supérieur à 0,5 pour ses index laitiers

• Corrélations génétiques

Les sélectionneurs s’intéressent toujours à plusieurs caractères. Or ces caractères ne sont pas

toujours indépendants.

 En effet, il existe un degré de liaison entre les caractères qui se mesure par des corrélations.

 Deux caractères fortement corrélés impliquent que tout effort de sélection sur l’un d’eux se traduira par une réponse indirecte sur l’autre. Les caractères lait, MP et MG sont très

fortement corrélés entre eux. Le TB et le TP sont bien corrélés entre eux mais tous les deux opposés à la quantité de lait. Les caractères de morphologie sont indépendants des caractères laitiers.

 Il existe une opposition génétique forte entre le taux de réussite à l’IA et la production laitière et la production de matière grasse ou protéique. La longévité fonctionnelle est modérément liée aux principaux caractères laitiers et aux autres caractères fonctionnels. Le comptage cellulaire et les caractères de production laitière sont faiblement corrélés : il existe un antagonisme génétique modéré entre la production laitière et la résistance aux mammites.

La connaissance de l’ensemble de ces paramètres est particulièrement importante en matière de sélection car elle permet d’envisager l’amélioration simultanée de plusieurs caractères